мало вводных данных. Мы не специалисты, не знаем нюансов, поэтому крайне тяжело что-то предлагать.
Многие суда ходили не под своим флагом еще до санкций, чтобы налоги и сборы не платить, экономить на техническом состоянии судна (http://www.sur.ru/ru/news/lent/2020-08-24/nelegalnye_flagi_ugroza_mirovomu_sudokhodstvu_19224/).
Поэтому тут должна быть общая концепция из которой уже принимать решения. Если ничего не делается, значит текущее положение всех устраивает. А если порассуждать по-дилетантски может надо выйти из международных договоров, сделать свою нормальную страховую для судов, обязать перевести все суда под российский флаг, поставить старую маленькую пушку и оформить торговые суда как военные и их захват расценивать как военная агрессия, можно много чего нафантазировать:)