Если доход получен не от тех операций или не с теми ЦБ, по которым консультировал советник, расходы вычесть не получится? 

vbogy, налоги это всегда личная ответственность. Даже то что налоговые агенты обязаны исчислять и удерживать налоги, мы всегда советуем перепроверять. Ошибаться свойственно всем.
И если не согласны, всегда можно оспаривать.

Да, если счета у одного брокера, то метод FIFO работает объединенно для операций по всем счетам.
НО есть законопроект (на рассмотрении и обсуждении), в котором предлагается вести учет по каждому брокерскому счету отдельно.