Здравствуйте!

1. При покупке курс облигации А1 был 96.30. Через некоторое время стал 97.30. При продаже данной облигации профит получается в размере разницы между этими курсами? (Если не учитывать НКД)?

В первом приближении да, но если точнее — то нужно учитывать НКД для корпоративных облигаций. Дело в том, что при продаже бумаги вам надо заплатить налог 13% с доходов. Налогооблагаемая база по курсовой разнице для корп. облигаций будет такая: (сумма продажи облигации, включая полученный НКД МИНУС сумма покупки облигации, включая выплаченный НКД). По-моему, комиссии брокера и т.п. также учитываются в затратах (т.е. уменьшают налогооблагаемую базу), но я не уверен — нужно проверить.
Таким образом, если вы купили облигацию перед выплатой купона, и у вас максимальный НКД, а продали сразу после выплаты, и у вас минимальный НКД, то у вас налогооблагаемая база может вообще отсутствовать или быть отрицательной. А если обратная ситуация — вы заплатите больше налогов, чем если без учета НКД. Данный налог удерживает брокер, и он может списываться не сразу. Да, это все относится к корпоративным облигациям, размещенным после 01.01.2017. Если размещены ранее 2017 г. — там свои особенности налогообложения. Не покупайте их, пока не изучите детально, как по ним исчисляются налоги. И еще, если берем государственные облигации (ОФЗ), то для них НКД не учитывается для целей расчета налога. Но налог с курсовой разницы все равно будет рассчитываться, просто без учета НКД.

2. Есть облигация ВТБ Б-1-5. Доходность по данной облигации на момент покупки была 9%. (Куплена она была в ноябре). Сейчас при просмотре информации доходность по ней отражается 0%. Почему так получилось?

А что за доходность вы смотрели? Это точно эффективная доходность к погашению? Вы могли смотреть купонную доходность? Для данной облигации купон на данный момент равен 2 коп (0.01% от номинала). См здесь. На самом деле это весьма интересная облигация. Вы уже смотрели условия эмиссии и обращения?
Почитайте, особенно раздел «Дополнительный доход» на стр. 10:

Величина дополнительного дохода за соответствующий период дополнительного дохода определяется по следующей формуле на одну Биржевую облигацию:
ДКД = AC1 * Nom * n(j) / (364 * 100%) + AC2j * Nom * N(j) / (364 * 100%), где ДКД – величина дополнительного дохода по каждой Биржевой облигации, в рублях

Это достаточно объемный документ, если нет времени его читать, почитайте хотя бы это. Вот цитата:

2.4 Содержание решения, принятого единоличным исполнительным органом Эмитента: Установить процентную ставку дополнительного дохода Биржевых облигаций серии Б-1-5 (величина АС2j в формуле дополнительного дохода) в размере 10 (Десять) процентов годовых. Формула расчета дополнительного дохода указана в п. 9.3. Условий выпуска Биржевых облигаций серии Б-1-5. Для определения величин n(j) и N(j) в формуле дополнительного дохода используется значение Верхнего и Нижнего уровня курса рубля к доллару США. Верхний уровень – 64,5417 руб. Нижний уровень – 57,5417 руб.

Но с момента размещения облигации 17.08.2018  курс доллара всегда был выше верхней границы этого диапазона (64,5417 руб), таким образом, нет дней, когда начислялся бы доп. доход в 10% годовых.
У меня сложилось впечатление, что данная облигация сейчас фактически является дисконтной с почти нулевым купоном. Т.е. ее покупают со скидкой (скажем, за 97% от номинала), а затем просто она погашается, т.е. выплачивается 100% номинала 17.05.2019 + какие-то копейки (буквально) в купонах.

Если хотите, скажите точную дату приобретения данной бумаги, и точную сумму, сколько вы заплатили за эту облигацию (можно за 1 штуку). И попробуем подсчитать доходность этого вложения в % годовых. Мне тоже интересно, т.к. я тоже рассматривал и рассматриваю эту бумагу для покупки.

Проверьте сами, почитайте те документы по этой облигации, ссылку на которые я дал. Возможно, узнаете еще что-то интересное.

3. Если у облигации А1 датой погашения является, к примеру, 03.02.2019 что происходит в этот день? Нужно ли что-то дополнительно заполнять/писать/контролировать или погашение будет происходить также, как и с дивидендами?

Если нет дефолта, то тогда должно вернуться без всяких заявлений. Если же какие-то проблемы с эмитентом — возможно, нужно будет уже куда-нибудь писать, что-то заполнять, кого-то контролировать :)

4. Если облигация А1 была куплена за 96.3, то какая сумма будет погашена в момент погашения данной облигации 03.02.2019.

Облигации погашаются по номиналу чаще всего, если это не амортизационная облигация. Вообще если точная сумма купонов иногда бывает неизвестна до определенного момента, то график и точные суммы выплаты основной части облигации должны быть заранее известны с самого начала, и вы должны видеть этот график. Например, по той же ВТБ-Б-1-5 можно посмотреть здесь. См. там в таблице написано: погашение 17.05.2019, 100% от номинала, что составляет 1000 рублей. Думаю, эту инфу можно найти и в документе с условиями эмиссии и погашения, ссылку на который я давал выше, но я уверен, что там то же самое будет написано, либо близкое по смыслу. Вот, нашел, см в самом конце (см. 16) Условий:

2.Права владельца каждой облигации выпуска

...

Владелец Биржевой облигации имеет право на получение при погашении Биржевой облигации в предусмотренный ею срок номинальной стоимости Биржевой облигации.

Также вместе с номиналом в день погашения выплачивается последний купон.