Все процессы с налогами производит брокер при поступлении средств на брокерский счет от погашения облигаций. Однако, если деньги при погашении зачисляются на счет, не указанный в договоре брокерского обслуживания, подавать декларацию и платить налоги будет сам налогоплательщик.

Т.е. если при погашении облигации средства зачисляются не на брокерский счёт, а на банковский, например, то по итогам года действительно нужно самостоятельно уплачивать налог. В случае зачисления средств от погашения на брокерский счёт налоговые платежи проводятся в стандартном режиме — брокер как налоговый агент списывает в конце года.