Вам надо на МРТ. Хотя врачи обычно назначают рентген и УЗИ. Гадать что там — не надо. Болеть может как угодно совершенно по разным причинам. И лечиться будет по разному.
Панику разводить раньше времени не стоит, может у вас просто связка воспалилась. А если Гонартроз или ещё что с мениском, то всё сложно.
В любом случае убрать всю нагрузку до выяснения причины.
Современная реабилитация шагнула далеко вперёд, главное не запускать до критичной стадии.

По плану, бассейн — плечи травмируются)

Твоя проблема решается. Находишь в своем городе фирменный Центр Бубновского, приходишь туда, обьясняешь проблему с коленом. Позанимайся месяца 2-3-4 и ВСЕ проблемы с коленом и другими суставами отойдут в сторону. С бегом завязывай, можно просто ходить в ускоренном темпе. Надо укрепить связки, сухожилия и вообще мышечный аппарат. Проверено на себе! 

Limitador, это азы, азбука аэробных тренировок, бега в том числе… Без этого будут травмы, перетренированность, отсутствие результатов и разочарование в итоге.

Limitador, ну видите признаки такие, что сказать точно нельзя, тут вроде плохо, а тут не страшно. Я бы сейчас, думаю, перестраховался, а вот десять лет назад плюнул бы.
Авось — страшная и непостижимая штука.

Limitador, зачем нужен этот бег? Погуляли и все. На велике можно прокататься

Иван Петров, синяка, опухоли пока нет. 

Иван Петров, Спасибо.

Limitador, ну угол нагрузки(в горку) изменил, надорвал или воспалилась связка

Limitador,  нестабильность сустава. Скрип — плохо. По описанию выглядит как частичный разрыв или полный, причём просто так определить не получится. Нужно МРТ. Гематома, припухлость? Тут вобще как повезет, кто-то говорит/пишет, что у него и полный разрыв сам заживал и всё ок. У кого-то проблемы на всю жизнь. По поводу связок не знаю, но если отрывается сухожилие и в течение какого-то срока (вроде 2 недели) не сшивается в больничке, то функционал этой мышцы полностью утрачивается на всю жизнь. Со связками может быть и по-другому (насколько я помню, то по-другому). Либо понадеяться, что нет разрыва и через дней 5-7 уже должно быть ясно, либо перебдеть сразу и сделать снимок и спать спокойно. В случае полных разрывов связок часто прибегают к операциям, просто чем старее травма, тем больше последствий и сложностей. Я раньше тож травмировался с железок, некоторые вещи понимаю, но не врач. Разрыв помимо боли, именно в сам момент разрыва, может сопровождаться треском, если было такое, то лучше снимок и в больничку. Но полностью порвать связку не так-то просто. В следующий раз перед тем как делать впервые нетипичное для себя упражнение, подготовьте тело более простым аналогом. В случае с бегом в/под гору — ходьба в/под гору или бег в/под гору, но с маленьким углом наклона поверхности. Даже если вы с размятым и разогретым телом будете выполнять нетипичное упражнение, то отсутствие сформированных и устойчивых нейромышечных связей на это упражнение может привести к травме, мозг тупо не научился ещё контролить мышцы в таком движении и получается как попало.

Поликарп Брусникин, переоценил себя состаренного 

Бег это вред здоровью 

Иван Петров, Была похожая травма, со скрипом связок. На большом пальце ноги это произошло, на тренажёре травмировал, наверное вывихнул. Палец брал рукой, двигал вверх вниз, связки или кости которые от пальца к большеберцовой кости идут, скрипели. Болело не сильно, потом сами встали на место или от мази с таблетками, встали так что перестали скрипеть, скрип исчез и боль одновременно.
Другое колено тоже скрипит и не болит, так и было. Сейчас скрип появился по новому в одном колене, не было такого ни разу. Из-за травмы одно колено скрипеть сильно начало. Могу стоять на коленях без боли, на двух ногах ходить нет.

Иван Петров, 
Мне кажется, внутренняя боковая связка, где расширение кости закрепленно, болит снизу

Пианист Сидоров, если с медицинской точки зрения подходить, то приседания — самый быстрый способ износить колени. Вероятно, самый лучший вариант — плавание. 

Limitador, в посте написано болит под коленом. Именно под коленом, то есть ниже или скорее в глубине (в центре) коленного сустава? Потому что это будут разные вещи.

Бегать вредно. Шизу про бег начали форсить в США в 1980-е, когда народ начал жиреть из-за гойкорма. Из-за бега ещё никто не похудел, а вот суставов покалечено немерянно. Лучшее кардио это приседания с весом или просто по лестнице пешком подняться.

Бегать так то вообще вредно, вдвойне если есть лишний вес, ходить надо и с палками, по пересеченной местности… раз в неделю достаточно

Михаил Шварц, нет, что это даёт?

T-800, В беге тоже есть такая проблема, не известно что будет на улице, на улице она возникает. Поздно может быть.