Ранее уже писал о данном вопросе.

http://smart-lab.ru/blog/241330.php

Предлагал складывать количество акий ао и ап.
Затем делить общую прибыль на общее количество акций.


Сейчас родилась мысль 
цену акций для расчета P/E вычислять как средневзвешенную цену
по количеству акций.

Например НКНХ:

АО — 36 руб/шт, кол-во  1 611 256 000 шт.
АП — 27 руб/шт, кол-во 218 983 750 шт

Средневзвешенная цена = (36*1 611 256 000+27*218 983 750)/(1 611 256 000+218 983 750)=1830239750=35 руб.