Вы можете разнести QUIK и Альфа-Директ по разным портфелям: к портфелю -000 подключить Альфа-Директ (на этом же портфеле будет работать и мобильный терминал), затем в Личном кабинете открыть портфель -001 (открытие и ведение портфеля – бесплатно) и подключить к нему QUIK аналогично той процедуре, которую Вы проделывали для подключения КВИК раньше.
Нужно будет заново подать произвольное поручение с текстом из файла protocol.txt, только в информации, касающейся данных о портфеле, укажите -001.