Как определили новый штамм, позднее названный Омикроном?

Некоторые детали из ЮАР.
Рудо Матива, заведующая отделением интенсивной терапии больницы Барагванат (крупнейший госпиталь Африки и третий по величине в мире, клиническая база Витватерсрандского университета):
«Мы наблюдаем заметное изменение демографического профиля пациентов с COVID-19. Молодые люди в возрасте от 20 до 37-39 лет поступают с умеренно тяжелым и тяжелым течением средней и тяжелой степени, некоторым требуется интенсивная терапия. Около 65% не вакцинированы, большинство остальных вакцинированы только одной дозой. Меня тревожит перспектива перегрузки государственных лечебных учреждений, поскольку число случаев растет.»

 Иэн Санне, член консультативного совета при Минздраве ЮАР:

 Что касается эффективности вакцины, есть признаки увеличения доли выявленных случаев, вызванных прорывными инфекциями или внутри групп, которые были ранее вакцинированы. Этот показатель выше, чем был ранее. Но у нас есть все основания полагать, что вакцины по-прежнему эффективны в предотвращении тяжелых заболеваний и/или осложнений.

 Данные, однако, небольшие и ранние. У нас стало больше госпитализаций, но общее впечатление такое, что соотношение вакцинированных и невакцинированных в настоящее время составляет 4:1  -  это 80% невакцинированных к 20% вакцинированных. Не 75%.

 Откроем официальный дашборд и сразу уточним для любителей пересчитывать вакцинированных и невакцинированных в стационарах: 

 🔸в Гаутенге сейчас привито хотя бы 1 дозой 38%, полностью вакцинировано 31,24% взрослого населения
 🔸в Гаутенге в возрастной группе 18-34 лет хотя бы 1 дозой привиты 26,61% женщин и 21,25% мужчин, 24% в среднем по группе
 🔸больница Барагванат находится в тауншипе Соуэто, это бедный трущобный юго-запад Йоханнесбурга. Тауншипы Гаутенга сильно отстают от субурбании по темпам вакцинации, поэтому среди контингента 18-34 вокруг больницы Барагванат доля привитых должна быть ниже, чем в среднем по Гаутенгу

 Таким образом, указанная доктором Мативой доля вакцинированных в стационаре Барагванат (35%) существенно выше, чем доля привитых среди молодых жителей Гаутенга (24%), а доля, указанная профессором Санне (20%) — немного ниже. Напомним, если доля привитых в стационаре соответствует доле привитых в популяции, то это нулевая эффективность вакцины в снижении риска госпитализации (подробнее рассказывали в этом посте).

 Детали вспышки в Tshwane University of Technology в Претории от представителя руководства университета:

 Примерно 10 дней назад мы зафиксировали, что студенты стали получать положительные тесты на ковид или испытывать симптомы<...>вирус распространялся необычно быстро, в какой-то момент 60 студентов из одного кампуса и общежития оказались ков(+) одновременно.

 В результате вспышки за неделю с 15 по 22 ноября число активных случаев ковида в Тшване выросло почти в 5 раз с 362 до 1689. Судя по интервью выше, тестировали студентов системно и глубоко, чего не скажешь обо всей ЮАР: сегодня в Гаутенге зарегистрировано 2629 новых случаев, по всей стране — 3220, коэффициент позитивности вырос с 6,5% вчера до 9,2% сегодня.

 И как обычно у нас есть вишенка на торт. Мы рассказывали про выборы в Амазонасе, после которых взлетел вариант гамма, а также про выборы в Индии, после которых взлетела дельта. Вы не поверите, что же было в ЮАР в начале ноября — национальные выборы в местные органы власти.

В общем случае установить вариант коронавируса по результатам ПЦР нельзя, для этого нужно прочитать геном и определить набор имеющихся мутаций.

Однако в некоторых случаях мутации в варианте попадают на те участки генома, с которыми непосредственно связываются использующиеся в ПЦР затравки ДНК — праймеры. В таком случае праймер как бы «промахивается» и реакция амплификации данного участка ДНК не проходит. Если бы в реакции ПЦР амплифицировался только этот один участок, тест дал бы отрицательный результат. В промышленном лабораторном тестировании на коронавирус, однако, обычно используется несколько участков — в случае используемых в ЮАР и Великобритании тестов TaqPath этих участков три. Так вот, вариант B.1.1.529 (как, например, и вариант альфа) несет в S-белке мутацию, которая «выключает» один из этих участков амплификации, оставляя два других нетронутыми (это делеция в позиции 69–70). 

В результате даже без секвенирования оказывается возможным определить тип варианта — если ПЦР дает положительный результат по двум участкам и отрицательный по одному, это почти гарантированно означает, что в данном случае человек инфицирован именно мутантным вариантом. Такой результат ПЦР называется S-gene target failure SGTF. Варианты альфа и омикрон отличить таким образом нельзя, но это и не требуется: по данным секвенирования видно, что варианта альфа в ЮАР больше нет.

студенты стали получать положительные тесты на ковид или испытывать симптомы