Караул! Пропали ВСЕ скрипты АТФ Транзак!

В жопу транзак. Ещё бы я в проге не копался. В квике если происходят какие-то изменения автоматом всё скачивается и меняется. Удали и скачай транзак заново. Может поможет.

в папке \Program files\Transaq\sources
расширение у файлов *.atf

Для того, чтоб не было мучительно больно, надо делать бэкапы следующих вещей: папки source (как вам сказали выше), при этом важны не только файлы .atf, в которых хранятся коды, а еще и файл index.xml, в котором хранится соответствие между файлом кода и названием индикатора (при наличии этого файла не нужно заново создавать все индикаторы), и файла конфигурации в корневом каталоге. При наличии этих вещей транзак полностью восстанавливается. 

 А сейчас у вас, вероятно, поврежден index.xml--транзак иногда стирает его содержимое.