Не забудьте подать декларацию 3-НДФЛ.

это да, глюки в налоговом кабинете вещь постоянная.

Превышение 5M не является самостоятельным поводом к подаче декларации, к осени они сами все насчитают и вышлют платежку, тем же способом что и на недвижимость.

Никто не обязан отчитываться о доходах, полученных от налоговых агентов, а все лицензированные брокеры в России — налоговые агенты, как и банки в части процентов на депозиты. Декларация подаётся только если имел место доход от лица, на являющегося налоговым агентом, например, у иностранного брокера, или для сальдирования налоговой базы у одних налоговых агентов с убытками у других и возврата излишне удержанного налога.

А недостачу при уплате налогов у налоговых агентов налоговая инспекция сама посчитает и выставит счёт.

Я думаю что будет проиходить, все следующим образом. В середине ноября каждого года  налоговая присылает (возможно на почту и в госуслуги ЛК скорее всего тоже)платежку  на оплату 
транспортного налога  и налога на дачу, на землю, на имущество, Эту платежку нужно обязательно   оплатить до 1 декабря. После 1 декабря идет автоматическая пеня за каждый день просрочки.  В конце этой платежки (она будет состоять из нескольких листов со штрихкодами) будут еще строчки , и платежка на сумму доплаты до 15 процентов  и сам расчет этого дополнительного налога  в 15 процентов от доходов свыше 5 млн .  Налоговая к этому времени уже знает все ваши доходы от продаж акций и полученные дивиденды от брокеров. и удержанные перечисленные/оплаченные по ставке 13 прц доходы.

Где-то  в сети существует некий кабинет налогоплательщика, где можно на сегодняшний день не обращаясь к брокерам, узнать, сколько каждый брокер удержал с дивидендов ,  с прибыли от продаж акций, и фьючерсов, и прочей  «кодо-доходной» номенклатуры и сколько перечислил в бюджет.