В налоговой сказали не дадут вычет по ИИС, тк у меня ИП на патенте. Ошиблись?

Marina Bystrova, а вот вычет типа «Б» — это другой вопрос. Это к деятельности по ИП не имеет никакого отношения. Это вычет, когда вы не платите налог с прибыли на дату завершения договора по ИИС. Вы сможете получить такой вычет.

Marina Bystrova, Б можно.
www.google.com/search?q=%D0%B8%D0%B8%D1%81+%D1%82%D0%B8%D0%BF+%D0%B1&oq=%D0%B8%D0%B8%D1%81+%D1%82%D0%B8%D0%BF+%D0%B1&aqs=chrome..69i57j0i512l3j0i22i30l6.1216j0j7&sourceid=chrome&ie=UTF-8

Marina Bystrova, вбиваете в гугле ИИС А и Б отличия и самообразовываетесь

Marina Bystrova, При закрытии ИИС (через 3+ года) у Вас может будет прибыль (финансовый результат от операций). Эта прибыль есть налоговая база по ИИС тип Б. Вычет равен прибыли. Т.о. налоговая база обнулится и налог платить не придется.
При этом, при закрытиии ИИС Вам нужно будет предоставить брокеру справку из НИ, что вычетом по типу А Вы не пользовались за этот срок.   

Marina Bystrova, ИИС открывается Физическому лицу. Наличие ИП и т.п. тут вообще не причем. Вам разве что только не удастся воспользоваться вычетом типом А (из-за отсутствия уплаченного НДФЛ), поэтому единственный вариант — только вычет типа Б при закрытиии ИИС