Как брокер увеличивает лимит?

это зависит от рынка, и от технологических решений доступа к Торг.системе биржи.
для большинства клиентов (по дефолту) лимиты меняются при условии поступления в их (брокерские) системы инфы о соответствующих платежных  поруч-ях (на соответствующий счета, суммы).

з.ы. про "совершить операцию" не понятна формулировочка

Главный вопрос " чем грозит" -быстрым и болезненным сливом.Торгую в финаме. Раньше давали пониженное ГО. Сейчас вроде не дают. Торговля опционами дает возможность увеличить фьючерсную составляющую, но не каждого брокера.

1.«Проходит дневной клиринг в день экспирации»-если экспирация квартальная, то  закрываются и опционы и фьючи одновременно, и ничего закрывать не нужно. Если же экспира только по опционам, то вне денег-сгорают, а в деньгах эксперируются во фьючи ближайшей квартальной серии.Это относится как к купленным так и проданным опционам.
2,«не получается закрыть всю позицию». Мало информации. Что у Вас была за позиция на экспиру и какой брокер? В любом случае, если у Вас осталась позиция по фьючам с перегрузкой по ГО, то закрыть ее Вы должны иметь возможность сами. По крайней мере в финаме -это так. Иногда заранее звоню менеджеру условия закрытия позы.
3,«дадут ли нам фигануть на всю котлету, причем не нашу?»-может и дадут. Только закроют Вас в любой момент. Все зависит от брокера. Но это игра с огнем.

Экспирация происходит не на дневной сессии а на вечерней. Что то у Вас с брокером не ладЫ. Когда у меня минусовал проданный край стренгла и ГО уже нинусовало, финам давал возможность покупать фьючи в сторону опасного края, без всяких звонков и дополнительных договоренностей. Я слышал что в сбере и ай ти инвесте с этим проблема. Они просто кроют по маржинколу при малейшем минусе по ГО. В финаме я договарился, меня не кроют до -50% от депо. До -20% доходило, все было в порядке.