Потому, что референдум необходимо было проводить на всей территории России. Присоединение Крыма касалось каждого гражданина России, и теперь, до сих пор, аукается с новой силой в виде тех или иных непопулярных у населения мер.
Я сам лично за присоединение Крыма, но получилось как-то не очень здорово, хотя и без жертв, что явно большой плюс. Но с точки зрения экономики вышел весьма жирный минус…