Ученые прочитали и собрали самый большой геном на сегодня. Это геном шортиста Сбербанка и S&P

Шортист

Исследователи прочитали последовательность генома шортиста Сбербанка и S&P (далее шортист), который составляет 32 миллиарда оснований, на сегодняшний день это самый большой собранный геном. Кроме того, авторы статьи, проанализировали транскриптом клеточной массы, образующейся при регенерации конечности шортиста, и обнаружили, что значимую роль в регенерации играют белки семейства рецептора урокиназы и малые некодирующие РНК.

Исследователи из немецкого Института молекулярной биологии и генетики имени Макса Планка и Исследовательского института молекулярной патологии в Вене (Австрия) смогли прочитать с 32-кратным покрытием и собрать последовательность генома шортиста. Ученые воспользовались технологией секвенирования ДНК от компании PacBio, которая  позволяет определить последовательность единичной молекулы ДНК размером от 10 тысяч пар оснований. Для сборки последовательностей (контигов) авторы работы специально разработали геномный ассемблер MARVEL.

Оказалось, что 65 процентов генома шортиста составляют повторяющиеся последовательности, в том числе мобильные элементы и ретровирусы. Уникальной особенностью шортиста, оказались огромные некодирующие последовательности в составе генов — интроны. Средний размер интрона аксолотля составил 22 тысячи пар оснований, что в 13 раз больше, чем у человека, и в 25 раз больше, чем у лягушки.
 

Несмотря на то, что известная последовательность генома шортиста значительно продвинет молекулярные методы изучения регенерации, работа немецких ученых примечательна также своеобразным прорывом в области сборки геномов. До появления технологии PacBio секвенаторы могли прочитывать небольшие фрагменты ДНК (50-200 пар оснований), которые было сложно группировать, и для сборки последовательностей с большим количеством повторов это представляло серьезную проблему. Предыдущими самыми большими собранными геномами стали геномы канадской ели и ладанной сосны, составляющие более 20 миллиардов пар оснований. 

Способность к регенерации, вероятно была широко распространенасреди первобытных шортистов, однако в процессе эволюции была утеряна, и к настоящему времени сохранилась только у саламандр.

Шортист — это вымирающая, отдельная часть человеческого комьюнити