Что лучше - R или Rapid miner? Может быть есть еще какие программы подобные?

Использую R и RapidMiner. RapidMiner классный, он так же может быть расширен кодом на R, но он платный, бесплатная версия предполагает некоторые ограничения. Что лучше, сложно сказать, оба инструмента хороши, однако R более универсален на мой взгляд. Excel не использую, на что-то более менее серьезное он не годится. Плюсы RapidMinera в том что там более наглядно можно строить модели, я бы на вашем месте остановился на обоих инструментах )

ты смотри где блогосфера шире и готового кода больше

Не знаю, что такое Рапид Майнер. Весь мир пользуется бесплатым R. 

Для простых задач сгодится и Excel
прочитать готовый файл, построить графики, диаграммы рассеяния, ну может еще используя VBA что-то немного упростит, помоделировать что-то, но это в общем-то всё.
На R Вы можете сделать почти всё:
— прочитать данные из многих источников — текстовые, СУБД, xml файлы, странички инета
— оч. удобно манипулировать, преобразовывать данные (т.к. вычисления векторизованные)
— строить различные диаграммы, разделяя что-то цветом, размером, панелями буквально в одну строку
— анализировать стратегии торговые
— построить законченное веб-приложение
все это благодаря огромному числу пакетов, в том числе и для финансов, анализа торгов и прочее.
Конечно порог входа побольше, но не очень сложно, на мой взгляд.

Пример: smart-lab.ru/blog/244080.php

в R если большие обьемы данных обрабатывать встроенным скриптовым языком, то очень тормозит, по сравнению аналогичной программы на нормальном языке программирования наверное раз в десять медленней..  Но конечно можно в R и собственные модули использовать написанные на C например, но это нужно еще научиться как… И под windows эти модули делать тоже сложно, потому что R родная среда это Линукс… Так что чтобы R использовать в полном обьеме нужно еще отдельный компьютер иметь, где будет линукс и R

Питон тоже хороший вариант.

всем добра)
goo.gl/wsiytD
goo.gl/xeCRcf
http://goo.gl/83QTTz
https://goo.gl/iZoj7O

rapidminer это вроде расширенная weka. Последняя бесплатная. Но R более гибкий. В R проще предобработку данных делать имхо

Эксель — очень медленный. 
R — медленный
Matlab (вроде как) и Python (точно) быстрее. R, конечно, мощный язык, но очень узко специализированный. Если уж изучать, то лучше Python. Либ не меньше, но сфера применения намного шире.