А что, ММВБ подняла комиссию с 3 марта?

Всегда была 0.015%. Комиссия берется в случае, если сделка исполняется по цене встречной заявки в момент выставления свой заявки. Если же ваша заявка исполняется не сразу (то есть ваша цена заявки отличается от лучшей встречной заявки в стакане), то комиссия биржей не берется. 

В вашем случае то, что раньше у вас вышло 0.008625% говорит о том, что предыдущая заявка была частично исполнена по цене лучшей встречной заявки в момент выставления в систему, а частично — уже после выставления заявки в стакан. По первой части биржей была взята комиссия 0.015%, по второй части комиссии биржи не было.