Отдельные системы для шорта и лонга. А как это делаете вы?

Контангу, Leverage Effect — как минимум две статистически достоверных несимметрии.

пилить зоны на лонг и шорт это вроде обычный этап развития алготрейдера

В общем то известные факты, что в одной и той же стратегия (Long&Short) на растущем рынке длинные позиции будут более прибыльнее коротких, и на падающем рынке короткие позиции будут эффективнее длинных.
Так что тут многое от состояния рынка зависит, и лучше использовать фильтры, отключая вход в шорт на растущем рынке и вход в лонг на падающем.

Две системы — больше параметров — больше риск переподгонки. Но ничего криминального не вижу. Тем более, для некоторых применений необходим, скажем, только лонг. Или только шорт. 
В общем, каждый делает под себя и сам несет ответственность за результат. Единых правил такого рода быть не должно.