Ученым уже известны геномы денисовцев. Собственно, благодаря анализу ДНК мы и узнали о существовании этой загадочной группы древних людей. До недавнего времени самым древним денисовским геномом высокого качества считались генетические последовательности женщины, жившей около 65 тысяч лет назад. Совместными усилиями западноевропейских и российских ученых удалось получить ДНК из еще одного зуба, найденного в Денисовой пещере — том самом месте, с которого в 2008 году начались исследования этого вида. Покрытие нового генома 30-кратное, это значит, что каждая “буква” последовательности ДНК прочтена в среднем 30 раз.
Зуб принадлежал мужчине, который жил около 200 тысяч лет назад. Находка сделана в 2020 году в одном из самых нижних слоев пещеры. Этот моляр, обозначенный как Денисова-25, по размеру сходен с другими молярами денисовцев и заметно больше, чем у неандертальцев. Извлечённая ДНК помогла узнать, что денисовцы не просто оставили след в геноме современных людей, но и имели сложную историю. Сравнение нового генома с уже известными данными показало, что существовало как минимум три группы денисовцев, а сам Денисова-25 имел среди дальних предков и неандертальцев, живших на 13–17 тысяч лет раньше него. Геном Денисова-3 – самый первый денисовский геном, выделенный из фаланги мизинца девочки – относился к другой популяции, чьи предки отделились от предков Денисова-25 как минимум за 15 тысяч лет до его рождения. Эти популяции денисовцев отличались друг от друга сильнее, чем большинство современных людей, при этом основной денисовский компонент попал к современным людям от родственников Денисова-3.