В 1598 году Пожарский подписал Утверждённую грамоту об избрании на царство Бориса Годунова.
В 1605 году князь вместе с другими боярами Думы присягнул на верность новому московскому царю Лжедмитрию Первому, ставленнику польского короля Сигизмунда Третьего, и служил у него дворецким.
В 1606 году Пожарский присутствовал на свадебном пиру Лжедмитрия Первого с Мариной Мнишек в числе самых дорогих гостей. Вскоре Лжедмитрий был убит, и князь присягнул новому московскому царю Василию Шуйскому.
В 1606—1608 годах Дмитрий Михайлович подавлял народные восстания и сражался с войсками Лжедмитрия Второго.
В 1610 году, после того, как Василий Шуйский был свергнут и насильно пострижен в монахи, а Лжедмитрий Второй убит приближёнными, князь Пожарский в числе других высокородных бояр присягнул на верность сыну польского короля Сигизмунда Третьего, новому московскому царю Владиславу Четвёртому.
В начале 1611 года, будучи уже воеводой подмосковного Зарайска, князь примкнул к нижегородцам, которые отказались признавать Владислава царём. Пожарский со своими ратниками поддержал рязанского воеводу и помог изгнать с Рязанщины московские войска. Затем он поддержал Первое ополчение нижегородского воеводы князя Репнина, усиленное подразделениями из Рязани, Владимира, Чебоксар, Свияжска и Казани, которое приступило к Москве.
После московского восстания и сожжения города Пожарскому удалось запереть верные Владиславу войска в Китай-городе. Он был тяжело ранен и поправлял здоровье до осени.