При погашении облигаций на ИСС, деньги поступили на банковский счет

Если будут проблемы, то пусть налоговая разбирается с банком. Это не Ваши проблемы.

Никаких проблем с возвратом НДФЛ не было. Брокер Сбербанк купоны по облигации зачисляет на счёт карты. Так что не переживайте.

спроси лучше у ВТБ 

Брокер ВТБ. Аналогичная ситуация была в прошлом году. Налоговая не интерисовалась

Брокер ВТБ погасил облигации ФСК и деньги после погашения зачислил на банковский счет (По факту вывел их с ИСС)

Ну, была такая история в 2015 году, когда у ЦБ про это спрашивали и был раньше ответ на сайте ЦБ, а теперь — он куда-то исчез...

Дивиденды, купоны, погашение по ценны бумагам, приобретенным в рамках договора на ведение ИИС Банк как депозитарий получает денежные средства, а затем как брокер или управляющий перечисляет эти доходы без предварительного зачисления на ИИС на счет, открытый на основании договора, отличного от договора на ведение ИИС(текущий счет или счет вклада). Является ли выплата банком клиенту доходов на отличный от ИИС счет основанием для расторжения договора на ведение ИИС?

ЦЕНТРАЛЬНЫЙ БАНК РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ, ПИСЬМО от 23 сентября 2015 г. N 55-5-1/2249«… перечисление указанных выплат на текущий и другие счета без зачисления их на индивидуальный инвестиционный счет не является основанием для прекращения договора на ведение индивидуального инвестиционного счета.»

То есть, нарушением это не является.

С другой стороны, теперь в брокерском отчете для ФНС содержится информация о погашении облигаций.

В общем-то, можно получить выписку в отделении банка по брокерскому счету в качестве подтверждающего документа на внесение денежных средств. Тогда вычет выплатят.

Но тут, вспоминается, что в НК есть статейка, в которой говорится, что сделка осуществленная только с целью получения вычета не дает на него права.

То есть, иными словами, теоретически, впоследствии вычет могут попросить вернуть и начислят на него пеню исходя из 1/300 ключевой ставки за каждый день его использования.

По факту мне не известны истории, когда ИФНС становилось известно о погашении тела облигаций с ИИС на банковский счет.