Закрыл ИИС и перевел бумаги на обычный брокерский счет. Будет ли действовать льгота на 3-летнее владение при продаже этих бумаг? Например, куплено на ИИС 16/04/2015, продано 06/12/2019.

да будет.

Статья 219.1 НК РФ. Инвестиционные налоговые вычеты (введена Федеральным законом от 28.12.2013 N 420-ФЗ) 

1. При определении размера налоговой базы в соответствии с пунктом 3 статьи 210, со статьями 214.1 и 214.9 настоящего Кодекса налогоплательщик имеет право на получение следующих инвестиционных налоговых вычетов, предоставляемых с учетом особенностей и в порядке, которые предусмотрены настоящей статьей:(в ред. Федерального закона от 28.11.2015 N 327-ФЗ) 

КонсультантПлюс: примечание. Право на предоставление инвестиционных налоговых вычетов, предусмотренных подпунктом 1 пункта 1 статьи 219.1, применяется к доходам, полученным при реализации (погашении) ценных бумаг, приобретенных после 1 января 2014 года (Федеральный закон от 28.12.2013 N 420-ФЗ). 

1) в размере положительного финансового результата, полученного налогоплательщиком в налоговом периоде от реализации (погашения) ценных бумаг, обращающихся на организованном рынке ценных бумаг, указанных в подпунктах 1 и 2 пункта 3 статьи 214.1 настоящего Кодекса и находившихся в собственности налогоплательщика более трех лет;