Привет смартлабовцам,вопрос. Есть ИИС, выбрана налоговая льгота по вычету с ндфл, если я купил акции и держу их на счете более трех лет будет ли браться 13% налог с прибыли после закрытия иис?

Имеется ввиду 13% от взноса? Да, будет.

13% с дохода от продажи акций, торгующихся на российской бирже, можно не платить, если вы продержите акции более 3 лет. Но максимальная сумма освобождаемых от налога доходов -  3 млн. рублей в год, т.е. 9 млн. за 3 года. Это для обычного брокерского счета. Просто для ИИС можно выбрать другой тип вычета — со взносов, а для обычного счета такой альтернативы нет.

Кстати да, для ИИС ограничения 3 млн. в год нет. При применении вычета второго типа по ИИС величина финансового результата может быть любой и не надо держать акции 3 года и более.
Источник: law03.ru/finance/article/nalog-s-prodazhi-akcij-fizicheskim-licom