На Мосбирже ГО считается ли для заявок или только для позиций?

Именно так и есть. И уже это более 2-х лет. Кроме того когда ты входишь по рынку то ГО будет выше чем указано в спецификации.

Просто надо читать регламент торгов

В момент торгов ГО по позиции зависит от средневзвешенной цены открытия позиции. Подробнее об этом http://fs.moex.com/files/10690
Диапазон на котором считаются риски фиксируется каждый клиринг и не изменяется, если не было раздвижки планок (повышенной волатильности).
По нефти BR-10.16 расчетная цена в вечерний клиринг составила 46.25, лимит колебания цен сделок был равен 2.78.
Отсюда получаем:
верхнюю границу диапазона оценки рисков 46.25 + 2*2.78 = 51.81;
центр расчета рисков 46.25;
верхнюю границу диапазона оценки рисков 46.25 — 2*2.78 = 40.69.
Базовое ГО, которое транслируется в терминале показывает, сколько заблокируется у участника, если заключить сделку по расчетной цене (46.25).
Соответственно, если  вы покупаете или продаете по цене хуже расчетной цены, то ГО будет выше базового, т.к. больше расстояние до нижней/верхней границы.
Если наоборот, то меньше базового.
Трейдер продавал по цене значительно лучше расчетной (48.41024), поэтому его ГО составило (51.81-48.41024)* 6.38943/0.01*(1+0.140037)=2476.448 р на один контракт. Далее, в клиринг ГО становится равным базовому, так как цена позиции приравнивается к расчетной цене клиринга.

Поэтому возможны такие казусы:
1. Купил почти на минимуме дня около цены закрытия, денег на ГО хватало с избытком. После клиринга ГО всей позиции, упс, и стало в полтора раза выше, чем было до клиринга. Срочные требования => принудительное закрытие либо поиск денег.
2. Залез в позицию, а утром резкое движение против позиции. Упс, и при закрытии позиции биржа отклоняет заявку как непрошедшую по лимитам. Так как цена в заявке много отличается от расчетной цены последнее клиринга и на исполнение заявки нужно повышенное ГО, а тут ещё и вариационная маржа отрицательная.