Подскажите, как корректно указать цену покупки замещающих облигаций в портфеле на Смартлабе? Цена указана в %, а ведь курс меняется и % тоже.

Для любых облигаций на этом сайте вы можете указать цену только в %, поэтому непонятно в чём вопрос. Вы когда у брокера выставляете лимитированную заявку на покупку, то указываете цену в %. И в результатах сделки её видите. Понятно, что это не всегда удобно и я лично бы предпочел видеть еще и ценники в рублях (на момент покупки и на текущий момент). Но вряд ли ради нас переделают сайт. Более того есть и более насущные проблемы, например не поддерживаются облигации в евро.