Пришли дивы на Систему в Открытии на 3 счета. На двух вычли налог в полном объеме, 13%, на третьем налог 0 руб. Объясните, почему так?

думается, что лучше брокеру позвонить… он точно ответит ... 

Если бумаги зачислялись как РЕПО то дивиденды не признаются доходом согласно НК, ст. 214.3, 214.4

Система выплачивает дивиденды из разных источников прибыли.
— если источником были дивиденды от других компаний, то повторного налогооблажения не будет. 
— если источником были ДОХОДЫ самой системы, то такой дивиденд будет облагаться налогом.