А где держат бумаги большие деньги? Допустим кто-то хочет купить пакет акций на 1млрд. Он разве идёт и открывает счёт у брокера, и хранит у него? Или существуют свои, частные, депозитарии?

1 млрд у брокера вполне. А так — в реестре.

Думаю, что для владельца миллиарда, не проблема будет решить вопрос напрямую с компанией и без лишних движений.

Обычно люди бизнесовые закредитованы по самые кохонесы, поэтому этот пакет будет заложен

VB, Вы чего узнать-то хотите? По-разному держат. И миллиард не космическая сумма. Для того чтобы этот миллиард освоить (если клиент прижел с «живым» миллиардом) в любом случае нужен будет брокер. Биржа напрямую не открывает счета не-профучастникам. Т.е. бумаги, купленные на бирже в любом случае изначально будут зачислены в депозитарий брокера, имеющий счет НД в НРД. Если предполагается бумагами активно торговать, то выводить их в реестр не только долго, но и препятствует быстрой торговле на бирже.Если есть намерение на пять лет про бумаги забыть, то можно и в реестр их списать.
Если изначально у клиента бумаг на миллиард (например, полученных по внебиржевой сделке и числящихся на нем в реестре), то он их может в реестре и оставить.
Если клиент очень крутой, то он может купить специально для своих операций профучастника (брокера) и не нести риска стороннего депозитария, сведа все риски к НРДшным. Но для такого нерыночного брокера портфель в миллиард маловат ИМХО. Дороговатое удовольствие будет. ЦБ заботится о том, чтоб с каждым годом у профучастников росли накладные расходы.
Пожалуйста, спрашивайте о том, о чем Вы хотите спросить, не пытайтесь напустить тумана. В противном случае не получите конкретного ответа.