Вопросы налогообложения индексируемых ОФЗ рассмотрены в письме Минфина России от 14.07.2015 N 03-03-10/40395. Там говорится, что доход от индексации номинала ОФЗ-ИН признается процентным доходом, а стало быть, НДФЛ не облагается. Сумма дохода от индексации определяется как разность между номинальной стоимостью Облигации на дату продажи (погашения) и номинальной стоимостью этой Облигации на дату ее покупки.
А вот разность превышения цены облигации над номиналом при продаже(погашении) и покупки НДФЛ облагается. То есть, допустим что при покупке номинал облигации был 1000 рублей, а купили вы её за 900 рублей. Пусть при погашении вы получили за бумагу 1100 рублей (номинал на момент погашения). Разность 1100-1000 облагаться НДФЛ не будет, а разность 1000-900 — будет. Источник:
www.banki.ru/blog/BAY/9810.php