100 % обыкновенных акций (78,55 % капитала[25]) «Транснефти» принадлежат государству (в управлении «Росимущества»).
Предположительно с ноября 2011 года фонд United Capital Partners скупал привилегированные акции в интересах госкомпании, желавшей собрать все «префы» в свободном обращении. По данным «Транснефти» на январь 2016 года, UCP владел около 71 % от общего числа префов, или 15,5 % от уставного капитала компании
В конце марта 2017 года 1,1 млн (71 %) привилегированных акций «Транснефти» были проданы за 169,7 млрд рублей (около 3 млрд долларов). В результате сделки ЗАО «Газпромбанк-Управление активами», доверительный управляющий средствами «Транснефти» и «Газпромбанка», получило 53,57 % префов монополии, НПФ «Газфонд пенсионные накопления» — 14,85 %, около 2 % — РКИФ и РФПИ. Таким образом, «Транснефть» стала косвенно контролировать треть своих привилегированных акций.