Список проголосовавших за комментарий "Kot_Begemot, Вы забыли про диагональное регулирующее слагаемое матрицы, которое должна дополнить диагональ до равенства следов (шумовая компонента) . <br/> Ясно, что идеального совпадения не будет, также ясно, что ЛЮБАЯ регуляризация искажает матрицу.<br/> P.S. У Вас, кстати, матрица не ковариационная, а корреляционная."