Разбирался как платить налоги с ПИФов и как возвращать с банкротов.
ПИФ.
Тут два варианта.
1. Бумага куплена на бирже и продана на бирже. Проблем нет — брокер налоговый агент все посчитает.
2. Бумага куплена на бирже и погашена ПИФом полностью либо частично (в последнее время распространено). Налоговым агентом является ПИФ. Но у него нет Ваших расходов и он возьмет налог со всей суммы выплат. По идее он может попросить у Вас данные о расходах (но это не факт).

Банкротство компании.
Если Вам «повезло» и в портфеле есть банкрот, то после решений судов и гос органов данная бумага будет списана со счета. Расходы по приобретению никто считать не будет. Поэтому берем справку о цене покупки, справку о списании и записываем самостоятельно в декларацию.
Может кому пригодятся мои изыскания.